На научном семинаре кафедры АСВК докладываются: результаты кандидатских и докторских диссертаций, обзоры интересных публикаций, постановки исследовательских задач и результаты НИР.
С докладами выступают как сотрудники и аспиранты кафедры, так и приглашённые докладчики со стороны.
Руководитель семинара — чл.-корр. РАН, профессор, д.ф.-м.н. Смелянский Руслан Леонидович.
Перечень планируемых докладов
Семинар проходит по средам с 17.00 в к. 247а, заседания чередуются с заседаниями семинара для магистрантов
30 марта 2022 г.
Лагунин Алексей Александрович, РНИМУ им. Н.И. Пирогова
Тема: «Организация параллельных вычислений оценки сходства последовательностей белков на основе их структурных формул для создания интерактивного веб-сервиса»
Аннотация: Традиционно аминокислотные последовательности белков описываются в виде текстового однобуквенного кода из 20 аминокислот. В настоящее время известно более 500 тысяч белковых последовательностей, которые подтверждены экспериментально и более 230 млн. последовательностей белков, полученных in silico из известных геномных последовательностей, для которых не известна их функция. Оценка сходства между белковыми последовательностями, является одним из основных методов в биоинформатике, которое позволяет понять какие могут быть функции у белков, на сколько они родственны друг другу, а также проводить классификацию белков. Практически все современные методы оценки сходства основаны на анализе однобуквенного текстового представления последовательностей. Наиболее популярным методом является BLAST, опубликованный в 90-х годах прошлого века. Эта публикация входит в топ 10 самых цитируемых научных публикаций в мире. Мы разрабатываем метод, который сравнивает не просто буквы, а структурные формулы аминокислот, и это описание ближе к природной структуре белка и позволит более точно проводить оценку сходства белков. Но описание белковых последовательностей в таком виде требует большей вычислительной мощности и памяти. На основе нашего метода мы хотим сделать общедоступный веб-сервис, и чтобы он быстро работал, необходимо спроектировать и создать систему параллельных вычислений. Возможность этого и будет обсуждаться в докладе.
13 апреля 2022 г.
Галин Ринат Романович, ИПУ РАН)
Тема уточняется.
20 апреля 2022 г.
XXIII Конференция «Ломоносовские чтения», секция вычислительной математики и кибернетики, Подсекция 12. Кафедра автоматизации систем вычислительных комплексов»